Zetman conta a história de Jin, um garoto de rua criado por um senhor que ele chama de vovô. Após eventos estranhos, Jin presencia a morte de seu avô e descobre que não é um humano normal. Tudo indica que ele nasceu como fruto de um projeto secreto chamado Z.E.T., desenvolvido pela Corporação Amagi. Porém, Jin ainda precisa entender o que realmente é e quais são seus verdadeiros poderes.